De Alya vaart het hele jaar door in de Galapagosarchipel. Er zijn routes van 5 dagen/4 nachten en twee routes van 6 dagen/5 nachten. Alle routes starten en eindigen op Baltra.
De verschillende gebieden die aangedaan worden bij de cruises:
- De 4-daagse cruise begint op Santa Cruz. Vervolgens vaart u naar Genovesa, Santiago, Bartolomé, Mosquera en terug naar Santa Cruz.
- De eerste 6-daagse cruise brengt u naar Santa Cruz, Isabela, Fernandina naar Santiago en eindigt in Santa Cruz.
- De andere 6-daagse cruise brengt u van Baltra, naar Seymour, Plazas, Santa Fe, San Cristóbal, Española, Floreana en eindigt wederom in Santa Cruz.
Welke van de bovenstaande vaarschema’s u ook kiest: er zijn zoveel dieren te zien. Met een kleinere boot, een zogenaamde panga, maakt u excursies naar de kust. Het is lastig aan te geven welke dieren u ziet tijdens een cruise. Alles leeft tenslotte in het wild. Maar zeeleeuwen, zeeschildpadden, zeehonden, roggen, leguanen, pinguïns, haaien, tropische vissen, scholen pelagische vissen en tal van vogels worden over het algemeen gezien.